Los planes para un grupo titulado HKT48 fueron revelados por primera vez por el productor de AKB48, Akimoto Yasushi, el 19 de noviembre de 2008. HKT48 se anunció oficialmente el 1 de mayo de 2011 en un evento de apretón de manos AKB48. El grupo fue el cuarto grupo hermano AKB48 en ser lanzado, después de los grupos SKE48, SDN48 y NMB48. Mientras que el grupo tomó su nombre de su ubicación base propuesta de Hakata-ku, Fukuoka, HKT48 finalmente se basó en un teatro en el centro comercial Hawks Town en la vecina Chūō-ku, Fukuoka. Esta ubicación está al lado de Fukuoka Yafuoku! Dome. Además, se anunció que el grupo aceptaría solicitudes de chicas de entre 11 y 22 años. La primera ronda de la primera audición HKT48 tuvo lugar desde el 31 de mayo de 2011, y los solicitantes seleccionados participaron en la segunda ronda de audiciones, que consiste en una prueba de canto y baile, en la primera mitad de julio de 2011. Las audiciones finales se llevaron a cabo en el Hotel Hilton Fukuoka Sea Hawk el 10 de julio, y 24 candidatos aprobaron con éxito la final.
Después de someterse a clases de baile y canto, las 21 miembros de la primera generación de HKT48 fueron reveladas por primera vez en un evento de apretón de manos AKB48 el 23 de octubre de 2011 en Seibu Dome. De estos 21 miembros, 17 eran estudiantes de secundaria o menos, y dos eran estudiantes de primaria. El miembro más joven del grupo, Natsumi Tanaka, nació en 2000 y tenía 11 años en el momento del anuncio. Ella dijo que "unirse a AKB48 es mi ambición desde que tenía 5 años, por lo que se siente como un sueño estar en este grupo". El miembro más grande era Sugamoto Yuko, que tenía 17 años en el momento del anuncio.
Debutaron en el Teatro HKT48 el 26 de noviembre de 2011, y han estado interpretando conjuntos de canciones tituladas "Te o Tsunaginagara", que originalmente habían sido interpretadas por SKE48 Team S y KII. El 31 de diciembre de 2011, 16 miembros aparecieron en el escenario de la 62ª edición de "NHK Kōhaku Uta Gassen", como uno de los grupos hermanos de AKB48. El 4 de marzo de 2012, los primeros 16 miembros fueron seleccionadas para formar el Team H, y aparecieron en el escenario. El 20 de junio de 2012, Sashihara Rino de AKB48 fue transferida a HKT48 y desde 2012 era la miembro más antigua de HKT48.9
El 23 de junio de 2012, se realizaron las audiciones finales para la segunda generación, y 34 candidatas de 48 finalistas aprobaron la final. El 18 de agosto de 2012, la gerencia anunció que cinco miembros, tres del Team H, Komori, Sugamoto y Taniguchi, y dos Kenkyusei - Eto y A. Nakanishi, renunciarían a HKT48 "por razones personales". El 24 de agosto de 2012, se anunció el primer día del concierto de AKB48 en el Tokyo Dome que Ota Aika, uno de los miembros del Team A de AKB48, sería transferida a HKT48. El 23 de septiembre de 2012, se anunciaron los kenkyusei students de segunda generación de HKT48.
HKT48 lanzó su sencillo debut, "Suki Suki Skip!" el 20 de marzo de 2013 bajo el sello discográfico Universal Sigma.
El 31 de marzo de 2016, el teatro existente ubicado en Hawks Town Mall se cerró, con una presentación especial de despedida. Un nuevo teatro temporal se abrió en el Nishitetsu Hall, también en Chūō-ku, Fukuoka, el 28 de abril de 2016.
A mediados de 2018, 10 miembros de HKT48 se unieron a Produce 48, un programa de televisión de competencia de Corea del Sur en Mnet para formar un grupo de chicas. Los miembros Miyawaki Sakura y Yabuki Nako terminaron en segundo y sexto lugar respectivamente, ambos ganándose un lugar para debutar en IZ*ONE.